黄宗羲在写完《明儒学案》之后，就准备编写此书。他收集资料，撰文作序，但仅成十七卷。其子百家秉承父志，继作续修，又成八卷。黄宗羲的私淑弟子全祖望又以近十年的时间，继续从事修撰，稿成而卒。其后又有黄宗羲的玄孙黄漳与其子黄徵义、孙子黄直{后土}再加校补，成八十六卷，即所谓余姚黄氏校补本。道光间，王梓材和冯云濠校勘补正，并按照全祖望在序录中确定的分卷方案，将全稿正式厘定为一百卷。

　　《宋元学案》共分安定、泰山、高平、伊川、晦翁、水心等九十一个学案，记述了两千余位宋元学者。与《明儒学案》相比，本书“更多地注重人物之间的师承传授关系，并以此作为划分学派的主要依据”。(《宋元学案·点校说明》)每案先列一表，反映案主的师友、门人、亲属等关系。次为案主小传，论其生平、思想、学术宗旨，再玄学侣、同调、家学、门人、私淑、续传六项为附案，分别介绍有关人物的情况。未附入传者之著作、佚事及后人评论。此外，书中还有许多编校者所加的案语，内容多为校勘说明及史实考证之类。

　　本书虽然是根据黄宗萎确定的思路和框架编写而成的，但黄宗羲本人完成的书稿并不多，他对宋元学术的认识以及对当时学者的评价，远没有充分地反映出来。而后续者的思想和识见，又显然没有黄宗羲深刻，因此，在本书中，类似《明儒学案》那种深入和有点睛之笔的精彩评论较少，其主要价值体现在对资料的搜集、甄别、整理和保存方面。

　　《宋元学案》百卷本初刻于道光十八年(1838)，后又有道光二十六年(1846)何绍基刻本和光绪五年(1879)龙汝霖刻本。《四部备要》、《万有文库》、《国学基本丛书》也都收有此书。1986年中华书局出版点校本，精装四册，后附人名索引，颇便读者。